El «Plan Director de Infraestructuras del Puerto Bahía de Algeciras» ha sido sometido a un exhaustivo proceso de evaluación ambiental estratégica, revelando preocupaciones significativas en cuanto a su impacto ambiental y en la biodiversidad. La Dirección General de Calidad y Evaluación Ambiental, tras analizar detalladamente los elementos del plan, incluyendo estudios ambientales y resultados de consultas públicas, ha concluido que la alternativa seleccionada 4D podría provocar efectos adversos.
Entre los aspectos más preocupantes se encuentran las potenciales afecciones a especies protegidas marinas, algunas catalogadas en peligro de extinción, como la «Patella ferruginea». Además, se anticipan impactos negativos sobre el hábitat 1170 «Arrecifes» y otros espacios protegidos de la Red Natura 2000, como el Parque Natural del Estrecho y la ZEC/ZEPA «Estrecho».
La implementación de este plan no solo amenaza la biodiversidad marina, sino que también podría incrementar la contaminación atmosférica y acústica, empeorando los problemas ambientales ya existentes en la Bahía de Algeciras. La posibilidad de afectar negativamente las zonas de baño y las playas cercanas, además de alterar la dinámica litoral y el régimen de oleaje, ha suscitado una considerable preocupación entre los colectivos ecologistas. Es por ello, por lo que la Dirección General de Calidad y Evaluación Ambiental ha señalado que, a pesar de las medidas propuestas por la Autoridad Portuaria de la Bahía de Algeciras para mitigar estos impactos, no se pueden descartar afecciones significativas derivadas del desarrollo del plan, por lo que, se ha decidido no aprobar la alternativa 4D del «Plan Director de Infraestructuras del Puerto Bahía de Algeciras», en vista de los posibles perjuicios a la integridad de los espacios naturales protegidos y a la salud y bienestar de la población.
La propuesta de la Autoridad Portuaria de la Bahía de Algeciras, correspondiente a la alternativa 4D, contemplaba dos actuaciones principales: la creación de una explanada rectangular al sur del muelle de Isla Verde Exterior, destinada al tráfico de contenedores y Ro-Ro, y la ampliación del dique exento actual en 600 metros hacia el sur para proteger la nueva explanada, lo que se ha encontrado con varias complicaciones durante su evaluación ambiental.
Una de las principales controversias en este proceso ha sido la omisión de ciertas actuaciones estrechamente relacionadas con el proyecto principal. Esto incluye los dragados necesarios en el mar de Isidro y la creación de nuevos fondeaderos, aspectos fundamentales para la viabilidad del plan.