El puerto de Algeciras en los siglos XVIII y XIX era apenas un reducido espacio ubicado en la desembocadura del río de la Miel. Sus escasos muros de encauzamiento solo permitían el atraque de embarcaciones de poco calado. Los barcos de mayor porte debían fondear cerca de Isla Verde, mientras que el embarque y desembarque de personas y mercancías se realizaba mediante embarcaciones más pequeñas.
A pesar del interés de las autoridades municipales, el proyecto de construcción de un puerto adecuado en Algeciras experimentó retrasos inexplicables a lo largo del siglo XIX.
En 1859, el ingeniero Juan Martínez Villa elaboró el primer proyecto de ampliación del puerto de Algeciras con nuevas características técnicas y una nueva ordenación jurídica. Este proyecto consistía principalmente en dos grandes obras. Por un lado, se propuso la construcción de un dique desde la Punta del Rodeo hasta la Isla Verde. Por otro lado, se planteó la construcción de un muelle que se extendería desde la desembocadura del río de la Miel hasta las piedras de la Galera.
El proyecto de 1859 detallaba con precisión estas dos obras principales, así como otras obras complementarias necesarias. Se estudiaba y proyectaba la voladura de los bajos y escollos en la dársena, el dragado, la construcción de muros, la reconstrucción del muelle del río de la Miel, la limpieza de la desembocadura del río y la construcción del muelle de la Marina.
Inicialmente, el proyecto de 1859 fue aprobado por Real Orden el 3 de mayo de 1860, y los pliegos de condiciones de las obras fueron aprobados por Real Orden el 10 de julio de 1861. Durante su tramitación, el proyecto fue modificado por Carlos María Cortés, quien reemplazó a Martínez Villa como ingeniero jefe de la provincia en 1862. Finalmente, fue aprobado de manera definitiva por Real Orden el 14 de mayo de 1864, y el pliego de condiciones de las obras se aprobó el 2 de diciembre del mismo año.
A pesar de la mayor precisión técnica y económica del proyecto de 1859 y los esfuerzos realizados en Madrid para llevar a cabo las subastas de las obras, estas nunca se llevaron a cabo. Una de las razones principales por las que no se ejecutó el proyecto de Martínez Villa fue la falta de una institución capaz de llevar a cabo las propuestas formuladas, como la Junta de Obras que se había creado en muchos puertos a finales del siglo XIX y principios del XX.
No fue hasta finales del siglo XIX que Algeciras vio cumplidos sus deseos de contar con un puerto que pudiera competir con el de Gibraltar y convertirse en el motor de su desarrollo. El proyecto fue impulsado por la inversión extranjera a través de The Algeciras-Gibraltar Railway Company Limited, posteriormente conocida como Compañía del Ferrocarril de Bobadilla a Algeciras. Esta compañía construyó el Muelle de Madera en la margen derecha del río de la Miel, sobre el cual se colocaron las vías del ferrocarril y una grúa de vapor para la carga y descarga de mercancías.
Estas instalaciones, el ferrocarril y la grúa mecánica, aportaron una imagen de modernidad al puerto. La denominada Villa Vieja, ubicada cerca del nuevo muelle y la vía férrea, comenzó a valorizarse. En esta zona, se erigieron chalets de lujo y, más adelante, hoteles como el Reina Cristina y el Anglo-Hispano.
A partir de 1894, el puerto de Algeciras contó con el Muelle Viejo o Muelle Comercial, de titularidad pública, en la orilla izquierda del río. También se construyó un pequeño paseo de ribera en la Marina y otro muelle perteneciente a la Compañía del Ferrocarril de Bobadilla a Algeciras en la orilla derecha del río.
Estas incipientes estructuras portuarias permitieron canalizar el tráfico con Gibraltar a través de la «Compañía de Vapores Sur de España» y facilitaron la carga y descarga de mercancías transportadas por ferrocarril hasta Algeciras. Sin embargo, estas infraestructuras pronto se volvieron obsoletas. En 1906, la propia compañía que operaba el muelle expresó la necesidad de una ampliación o la construcción de un nuevo muelle de mampostería.
El Muelle de Mampostería de la Marina, también conocido como Muelle Viejo o Comercial, fue construido en 1875 con fondos municipales y seguía bajo la responsabilidad del Ayuntamiento a principios del siglo XX. Mientras las autoridades locales exigían al Gobierno provincial y nacional la construcción de un puerto, se emprendieron algunas obras de mejora en las frágiles infraestructuras con las que la ciudad había contado desde el siglo XVIII. En la segunda mitad del siglo XIX, se dotó al puerto de Algeciras de una serie de nuevas instalaciones, mejoras y servicios que modernizaron el servicio y favorecieron el crecimiento del tráfico a través del puerto.
Entre estas nuevas instalaciones y servicios, destacaron el encauzamiento del curso final del río mediante la construcción de muros laterales desde el puente del Cristo hasta la desembocadura, la creación de un paseo de ribera en la Marina, la construcción de los faros de la Isla Verde y Punta Carnero, la inauguración de la Caseta de Aduana, la construcción de la Caseta de Salvamento de Náufragos y la Pescadería, así como la implementación de los servicios de Sanidad y Prácticos.
A través de estos avances portuarios, Algeciras sentó las bases para convertirse en un importante puerto capaz de competir con su vecino gibraltareño y promover su propio desarrollo económico y social.